Ekologicky šetrné metódy ochrany pred škodcami a chorobami sú také, ktoré neohrozujú necieľové organizmy ani životné prostredie. Vychádzajú spravidla z prirodzených ekologických vzťahov, reakcií a vlastností organizmov. K najbežnejšie používaným a zároveň najprepracovanejšom šetrným metódam patrí biologická, biotechnická, mechanická a fyzikálna ochrana.

Ochrana proti chorobám predstavuje starostlivé zváženie všetkých dostupných metód ochrany rastlín a následné zavedenie vhodných opatrení, ktoré zabránia rozvoju škodlivých organizmov a udržiavajú používanie prípravkov na ochranu rastlín a iných foriem zásahov na úrovniach, ktoré sú hospodársky a ekologického hľadiska odôvodnené a znižujú alebo minimalizujú riziká pre ľudské zdravie alebo životné prostredie. Dnes už nielen v ekologickom poľnohospodárstve sa dáva prednosť biologickým, fyzikálnym a iným nechemickým metódam, pred chemickými metódami, ak zabezpečia účinnú ochranu proti príslušným škodlivým organizmom.

Ochrana proti škôdcom Iné účinné látky pôsobia na roztoče, iné účinné látky pôsobia na motýle či vošky. Preto je dôležité prípravky aplikovať proti takým škodcom, ktoré sú v spektre účinku. Jednou z možností je kombinácia klasickej ochrany s biologickou ochranou.